De Nicolaïkerk wordt intensief gebruikt door de Protestantse Wijkgemeente Nicolaïkerk, voor kerkdiensten, huwelijksvieringen en uitvaarten. Voorts kan de kerk worden gehuurd voor het geven van concerten, recitals, kooruitvoeringen, lezingen, tentoonstellingen, congressen, recepties en andere bijeenkomsten, mits deze passen binnen het karakter en de sfeer van het gebouw.